Роман Стефанович родился в крестьянской семье на хуторе Солёное Озеро Петровского района Ставропольского края. После его рождения семья перебралась в село Петровское, где он и поступил в школу. После её окончания работал автомехаником.
В Красную Армию призван в мае 1939 года (в 20 лет). Попал в танковые войска, механиком-водителем танка Т-26, в 39-й легко-танковой бригаде. Боевое крещение принял в советско-финской войне 1939-1940 годов, участвуя в боях по прорыву Мялькельского укреплённого района линии Маннергейма в феврале - марте 1940 года. С 1941 года член ВКП(б). В Великой Отечественной войне воевал с февраля 1942 года. В 1943 году окончил с отличием Саратовское танковое училище в качестве командира танка Т-34. С 1944 года участвует в оборонительных боях в Прибалтике (в районе городов Ауце и Добеле) с Курляндской группировкой противника. Звезду Героя Роман Стефанович получил посмертно за своё последнее сражение при наступлении на город Бене (Добельский район, Латвия). Командир взвода танков Т-34 гвардии лейтенант Николаенко в бою 26 августа 1944 года на подступах к Риге отразил огнём своего взвода 2 вражеские атаки, уничтожил 6 тяжёлых танков «тигр», 4 противотанковые пушки, более 150 гитлеровцев. Стойко оборонялся, не давая врагу возможности перерезать магистраль Ауце- Бене. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 марта 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм гвардии лейтенанту Николаенко Роману Стефановичу присвоено звание Героя Советского Союза. В память о Романе Стефановиче на его родине (ныне город Светлоград Ставропольского края) его имя носит школа, в которой он учился и установлен в школьном дворе обелиск, также в его честь названа одна из улиц Светлограда.
